Проекты в области геномных данных – в облаке Mail.ru
По сообщению Mail.ru Group, компания Novel Software Systems развернула в облаке Mail.ru Cloud Solutions (MCS) первую в России генетическую энциклопедию «Генокарта», а также протестировала сервис для автоматической обработки геномных данных NGS Wizard на собственной платформе Genomenal. Облако обеспечило инфраструктуру для тестирования и запуска этих проектов при соблюдении закона о хранении персональных и медицинских данных.
Компания Novel Software Systems с головным офисом в новосибирском Академгородке с 2004 г. специализируется на аналитике биомедицинских данных и разработке программных продуктов для генетики с применением технологий машинного обучения. Компания развивает платформу Genomenal для обработки геномных данных. ИТ-инфраструктура, обеспечивающая работу проектов, должна соответствовать требованиям закона о хранении персональных и медицинских данных ФЗ-152. Распределенная команда и широкая география пользователей сервисов требуют от ИТ-инфраструктуры высокой доступности: системы должны работать одинаково быстро для всех специалистов и пользователей сервисов.
Novel Software Systems разместила в облаке Mail.ru Cloud Solutions генетическую энциклопедию «Генокарта». Это русскоязычный ресурс, на котором собраны оригинальные непереводные статьи о редких генетических заболеваниях и информация о связи мутаций в генах с заболеваниями. Авторами публикаций являются специалисты: врачи, генетики, сотрудники научных институтов. В энциклопедии размещено более 1000 статей, сгенерировано более 13 млн страниц о мутациях и геномных вариантах. «Генокарта» выполняет и практическую функцию, помогая людям найти экспертов, которые могут решить их проблемы. Предполагается, что в перспективе проект станет сервисом, который позволит любому человеку загрузить свои геномные данные и проанализировать их.
Novel Software Systems также разрабатывает сервис на основе «Генокарты», с помощью которого врачи и пациенты смогут анализировать геномные данные и накапливать информацию о связи мутаций с имеющимися или возможными заболеваниями. Его запуск запланирован на конец 2021 г.
Созданная компанией система анализа геномных данных NGS Wizard на платформе Genomenal предназначена для медицинских учреждений, биотех-компаний и научных институтов, которые занимаются исследованием и лечением наследственных заболеваний, онкологии. Сервис автоматизирует интерпретацию геномных данных. Особенность решения в том, что применять его могут пользователи без специальных знаний в биоинформатике. Это расширяет доступ к анализу геномных данных для специалистов различного профиля.
Тестирование сервиса NGS Wizard проходило в облаке MCS. Для этого использовались виртуальные машины, виртуальные сети, база данных PostgresSQL как сервис, файловое хранилище NFS и объектное хранилище S3 для резервирования данных.
Как комментируют в Novel Software Systems, возможность быстро получить необходимые ресурсы для тестирования и развертывания цифровых сервисов – это ключевая ценность облака для инновационных компаний и единственная возможность для стартапа получить доступ к большим мощностям, соответствующим закону о персональных данных.